局部用藥常用的是各種抗生素類及抗病毒眼藥水。用藥應以對致病菌敏感者最為理想，應先根據癥狀及分泌物的性質推斷致病菌的種類。對難治的結膜炎或重癥者最好作藥物敏感試驗以篩選最有效的藥物。相對于全身用藥，眼藥水有其攜帶方便、藥物直接作用于病灶、對全身副作用小等優點。在病情得到控制后，就應逐漸減少滴眼藥水次數，直至病情痊愈即停止用藥。有角膜并發癥時，按角膜炎處理。

    用藥的原則就是，有癥狀就用，沒癥狀就停。單純抗過敏的眼藥是沒有毒副作用，像研立雙，埃美丁，阿樂邁，帕坦洛等等。如果癥狀更重的時候可以用口服抗過敏藥，或局部短期應用激素。當然要注意激素的副作用。

    急性病毒性結膜炎：俗稱的“紅眼病”是傳染性結膜炎，又叫暴發火眼，是一種急性傳染性眼炎。根據不同的致病原因，可分為細菌性結膜炎和病毒性結膜炎兩類，其臨床癥狀相似，但流行程度和危害性以病毒性結膜炎為重。得了紅眼病后要積極治療，一般要求要及時、徹底、堅持。一經發現，立即治療，不要中斷，癥狀完全消失后仍要繼續治療1周時間，以防復發。

    細菌性結膜炎：細菌性結膜炎則須投與抗生素藥水、藥膏，甚至口服或注射抗生素。治療慢性結膜炎，必須先找出原因。若是環境刺激原引起的，則盡量減少接觸刺激源，如減少到公共場所(尤其是密閉室內)、減少接觸吸煙及燃燒廢棄物之煙灰。若是過敏原引起的，則避免接觸花粉、油漆、灰塵。若長期使用眼藥水或眼藥膏所引起的，可先停用眼藥一段時間，點用不含藥物及防腐劑之眼藥水(如生理食鹽水或人工淚液)；而以毛巾熱敷眼部(閉眼睛)一天三至四次，每次五至十分鐘，是簡單易行而有效之方法。

    慢性眼瞼炎引起的結膜炎：慢性眼瞼炎引起的結膜炎則治療要花一段時間。將眼瞼緣之分泌物清理干凈；擠壓瞼板腺；以嬰兒洗發精洗凈睫毛毛根(每天三、四次)；熱敷并點消炎藥膏等方法都有助益。此外須特別提醒的是，結膜炎雖不是什么大毛病，但結膜炎并不是“眼部充血”的唯一原因。

    百濟藥師溫馨提醒：眼部充血除了結膜炎外，也要考慮是眼部其它疾病，如角膜破皮、虹彩炎、青光眼、角膜潰瘍或是眼睛內部發炎等眼疾之警訊，不可以大意。