一些結石或腫瘤以外的疾病也可引起肝外膽管阻塞.其中以手術所致的膽道損傷最常見.腹腔鏡下膽囊切除術增加了膽道損傷的可能性.慢性胰腺炎所致的胰腺腺體纖維化可使胰頭部膽總管狹窄.膽總管囊腫或鄰近的胰腺假性囊腫壓迫膽管壁可造成膽管外壓性阻塞,但這很罕見.原發性硬化性膽管炎可導致肝外膽管狹窄,但其肝內膽管狹窄亦可很顯著.在東南亞地區,肝吸蟲是阻塞性黃疸的重要原因,可引起肝內膽管炎,近端膽汁淤積,結石形成和膽管炎.蛔蟲作為一種寄生蟲,有時可移行至膽總管,引起膽管阻塞

　　AIDS相關的膽管病或膽管炎已在HIV陽性患者中被描述,腹痛和肝功能檢查異常提示膽管阻塞.直接膽管造影常發現肝內,肝外膽管異常,其近似于原發性膽汁性肝硬化或乳頭狹窄.該病的病因被認為是感染.病原體包括巨細胞病毒,隱孢子蟲和最近發現的微孢子蟲.

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