膽管癌的手術方法因腫瘤部位不同而各異。位于肝門部膽管癌的治療較困難，預后最差。切除率遠較中、下部膽管癌為低，約10%～30%左右。但近年來有高達90%以上者。大部分肝門部癌多已不能切除，用T型管、Y型管或V型管引流膽汁，以減輕黃疸和控制炎癥，遭到配合化療、放療及中藥治療。診斷較早、全身情況良好者，可將部分肝管和肝外膽管切除，并作膽管空腸吻合術。如一側肝管病變范圍較廣泛或已侵犯肝組織時，或切除一側肝組織。近年來有人認為肝門部癌根治性手術應包括肝尾葉、肝外膽管和肝實質以及鄰近淋巴結的切除。

           

位于膽總管下端的癌腫，由于黃疸出現早，腫瘤發展慢，淋巴轉移亦較晚，故手術切除率常較高。如病人全身情況許可，又無腹水及遠處轉移時，應積極手術治療。如能手術切除，則行胰十二指腸切除術。否則，作膽囊空腸吻合術，以解除黃疸，減輕苦。