潰瘍性結腸炎的病因至今仍不明。雖有多種學說，但目前還沒有肯定的結論。細菌的原因已經排除，病毒的原因也不象，因為疾病不會傳染，病毒顆粒也未能證實。克隆病患者血清溶酶體升高，潰瘍性結腸炎患者則為正常。潰瘍性結腸炎可伴有多種腸外表現，包括骨關節病變、皮膚病變、口腔潰瘍、眼病、肝膽疾病和血管病變等。
　　  
　　骨關節病變：可出現急性關節炎、骸骼關節炎、強直性脊柱炎。關節炎可累及一個或多個關節，呈非對稱性，表現為局部紅、腫、熱、痛，一般無崎形，類風濕因子陰性。起病急，病期短，不留后遺癥，但可復發。常伴眼病、皮膚病變、口腔潰瘍、肝病及肛周病變等腸外其他表現。糖皮質激素治療后關節炎消退，結腸切除后關節炎完全消失。強直性脊柱炎占潰瘍性結腸炎患者的1 ％一2 % ，其中80 ％以上有HLA 一B27 表型。自然病程與潰瘍性結腸炎無關，呈緩慢進行性。病變可累及整個脊柱，致脊柱變形、強直，運動受限或喪失。有效治療貴瘍性結腸炎甚至切除病變腸段也不能阻止脊柱炎的病程發展。經放射學檢查，12 ％一15％的患者可出現骸骼關節炎，患者可無癥狀或有腰骸部疼痛。潰瘍性結腸炎有肥大性骨關節病伴桿狀指（趾）者，與結腸的炎癥程度、病變廣泛程度、病程長短有關。桿狀指（趾）與并發結腸癌、中毒性巨結腸和關節病變有明顯關聯。
　　
　　皮膚病變：主要有結節性紅斑和壞疽性膿皮病。結節性紅斑常見于潰瘍性結腸炎，表現為多發性紅色或暗紅色皮膚結節，觸痛，多見于下肢，對稱性分布。壞疽性膿皮病少見，可見于部分活動性潰瘍性結腸炎患者，表現為軀干或四肢皮膚的膿疙及破潰后形成的壞死性潰瘍，伴疼痛，邊界發紅且逐漸向外擴展。潰瘍可累及周圍組織，導致脂肪和肌肉組織的壞死。用糖皮質激素治療有效，絕大多數患者結腸切除后皮膚病損會自行愈合。
　　
　　口腔潰瘍：活動性潰瘍性結腸炎．患者常發生口腔潰瘍，與病情活動和進展有關，可發生在口腔任何部分的私膜。部分患者因慢性失血導致缺鐵性貧血，可伴發舌痛和口角炎。
　　
　　眼病：活動性潰瘍性結腸炎患者可出現眼部炎癥，如葡萄膜炎、鞏膜外層炎、結膜炎、角膜炎和虹膜炎，尤以葡萄膜炎和鞏膜外層炎多見。局部用糖皮質激素可控制癥狀。結腸切除后虹膜炎、葡萄膜炎仍可復發。肝膽疾病：潰瘍性結腸炎患者可出現膽管周圍炎、脂肪肝、慢性肝炎和原發性硬化性膽管炎，病情重、病程長的患者還可有肝硬化和膽管癌。病因多與自身免疫反應、營養不良等有關。
　　
　　血管病變：包括血檢栓塞癥和動脈炎。潰瘍性結腸炎患者處于高凝狀態，在多處可發生血栓，如腹腔、下肢、顱腦，也可出現游走性血檢性靜脈炎。動脈炎可表現在皮膚、眼、肺及腎，引起皮膚和眼的腸外表現，以及肺彌漫浸潤性病變或腎小球腎炎。
　　
　　神經系統病變：國外資料表明，潰瘍性結腸炎合并腦梗死的發生率為7 ％。也有發生周圍神經病變的報道，主要表現為對稱性四肢遠端運動和感覺障礙，下肢較上肢重，腦脊液呈蛋白質、細胞分離。
　　
　　肺部表現：本病有呼吸道癥狀者以成年女性為多，亦可見于兒童或老年人。多數于潰瘍性結腸炎發病數年后侵犯肺，但也可與結腸炎同時發生。一般情況下，結腸病變越廣泛，累及系統越多，并發肺部病變機會越多。最常見的肺部損害為支氣管病變，特別是支氣管擴張，其他少見的損害尚有嚴重肺間質纖維化、肺血管炎、肺泡炎、肺間質纖維化、肺大疙、氣胸、縱隔氣腫以及反復檢塞等；甚至有報道并發滲出性胸膜炎、硬化性細支氣管周圍炎和纖維性隊塞性支氣管炎。最常見的癥狀為慢性咳嗽、咳疾與活動后呼吸困難，偶有胸痛、發熱、咯血、哮喘等，嚴重者可引起呼吸衰竭而導致死亡。然而，潰瘍性結腸炎累及肺部者多數可無呼吸道癥狀。結腸炎病變范圍廣泛，病程長者，其肺功能異常亦更為明顯。

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